WFTO:s Garantisystem (GS) är framtaget för att kontrollera att WFTO:s medlemmar följer de 10 principerna för Fair Trade och den Fair Trade Standard som är internationellt erkända. Garantisystemet består av tre steg (utöver den medlemsprocess som krävs för att först och främst bli medlem i WFTO), därutöver finns ett utomstående granskningssystem, Fair Trade Accountability Watch:
SAR är en självutvärderande rapport som genomförs av den granskade WFTO-medlemmen. Rapporten innehåller frågor om arbetsmiljö, antal anställda, medbestämmande, förmåner etc. Rapporten är uppbyggd efter de 10 principerna för Fair Trade och genomförs vart annat år. Är man en lågrisk-organisation genomförs denna revision vart tredje år (efter 2 lyckade revisioner i rad).
Peer Visit innebär ett besök av en utomstående person som granskar ens verksamhet utefter Self-Assessment Report. Den granskade WFTO-medlemmen utser själv vem som genomför besöket (som WFTO därefter godkänner) och fungerar som en förberedelse inför den tredje externa revisionen. Peer Visit är även en hjälp för organisationen/företaget att se vilka områden de kan förstärka för att bättre leva upp till de 10 principerna för Fair Trade. Personen som genomför en Peer Visit ska ha kunskap inom Fair Trade och erfarenhet som gör denne lämpad för att genomföra revisionen.
Den tredje externa revisionen är en kontroll som genomförs av en av WFTO:s utsedda kontrollanter. Kontrollen utförs under några dagar där kontrollanten granskar WFTO-medlemmens verksamhet utefter regler kring om man är producent, importör eller återförsäljare. Först efter att man genomfört dessa tre steg och blivit godkänd har man rätt att använda WFTO-märkningen.
Fair Trade Accountability Watch är ett granskningssystem som innebär att allmänheten eller andra Fair Trade-aktörer kan höra av sig till WFTO om man misstänker missförhållanden hos en producent, importör eller återförsäljare. När en organisation har misstänkliggjorts genomför WFTO oannonserade stickprov hos medlemmen i fråga.
